临床接诊中，很多患者表示起初发现生殖器长水泡时，都不太当回事，感觉可能只是私处不干净引起的炎症，就像脸上的痘痘一样，挤破后慢慢就自己好了。但其实不然，生殖器疱疹是一种复发性极强的性传播疾病，如果没有进行专业的治疗，那么对患者的身体健康是有极大的危害的。
HSV感染人体后一般会有一定的潜伏期(3～14天)，在这段时间里，病毒首先通过皮肤表面的粘膜穿透皮肤到达有增殖能力的基底细胞;部分HSV病毒可沿神经髓鞘到达三叉神经节(HSV1)和脊神经节(HSV2)细胞中或周围星形神经胶质细胞内，以潜伏状态持续存在，与机体处于相对平衡，一般无明显临床症状，但此时也是最危险的时期。
生殖器疱疹患病初期主要表现为阴部有轻微灼热感，随即可在龟头、包皮、阴茎体、冠状沟、尿道口以及阴囊等部位(男性);大小阴唇、阴蒂、阴阜、子宫颈、尿道口等部位(女性)出现颗粒状小水泡。部分患者还会伴有发热、头痛、乏力等全身症状的出现，其次偶可见女性白带增多的现象。
传统的药物(阿昔洛韦、阿昔洛韦软膏、疹舒净等)只能清除患体病灶处皮表症状，对于三叉神经节和脊神经节内的病毒却束手无策。而患病初期也是治疗的最佳时期，一旦盲目就医、错误用药，就会导致疾病的恶性发展。
如果在病发初期患者未接受科学治疗，或误诊误治，那么生殖器疱疹继发可以出现成堆的水泡，数日后可能演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，并伴有异味。若症状发生于宫颈或者直肠部位，还会伴有直肠疼痛、便秘、分泌物增加，宫颈疼痛，性交疼痛等症状。
此时的治疗，一定要进行综合性的治疗，因为此时的HSV病毒已经严格随角质形成细胞的角化过程，快速分化成熟形成病毒颗粒，又逐渐感染邻近的细胞，使越来越多的宿主细胞被HSV感染，成为自身接种与传播的来源，并波及到整个患体，因此，此时的治疗一定不要局限于病灶。
生殖器疱疹发展到晚期最常见的症状是成簇包含有流动性液体的大水疱，继发水泡破裂成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒、疼痛、触碰出血等现象。此阶段至少持续2周-3周，经临床就诊数据显示，此时76.3%的患者都会使用药物进行治疗。在治疗一段时间后病灶损害便会结痴，但一段时间后病情会不断的反复出现，同时也大大增加了癌变率。
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